Trés bonne question.
il ya plusieurs options.
Un accord, c'est prendre une note sur 2 dans une gamme ou un mode, c'est l'accord de base à 4 sons
dans le cas de la gamme de do majeure, do mi sol si, du coup on a pas le cas de deux demitons qui se suivent dans la construction, mais ces accords existent néanmoins, on peut remarquer que dans le do7M cité plus haut, on a le si et le do donc deux demitons mais à une octave d'ecart, et c'est souvent ce qu'on utilisera pour des accords étendus( plus de 4 notes ou des composantes peu conventionnelles), dans ton exemple, on aurait alors do 13-, sachant le do seul recouvre la tonique, tierce quinte , si il ya modification du triangle de base, T35, on le specifie dans l'octave concernée.
Du coup un do 9+(une tierce mineure à l'octave) ne change pas la tierce majeure du triangle de base.
ca c'est pour la valeur harmonique pure.
Evidemment ta question recouvre, une autre donnée, comment noter un accord avec une architecture precise, en rigolant je dirais, tu l'ecris du coup, quand on veut des renversements specifiques, il vaut mieux les ecrire; chacun ayant toujours quelque part une façon personnelle de noter les accords peu courants.
Reste qu'il ya des outils pour ça, se referer à clés pour l'harmonie.
les clusters
http://fr.wikipedia.org/wiki/Cluster_%28musique%29
les accords avec basse modifiée, qui permettent des renversements originaux.
Un DO/Si par exemple ou le celebre Do/Ré( comprendre Do basse ré, du coup au lieu de do mi sol, ré mi sol )
Les polychords, deux triades superposés, un triade maj de Do avec un triad de Fa# par exemple, donc do mi sol et Fa# La# Do# qui se note avec une barre horizontale pour separer les deux triades
Voilou, il ya d'autres soluces, si des diplomés de nos chers conservatoires passent par là, affinez ou corrigez.
Reste que souvent en musique, c'est au feeling du lieu et du moment et des gens, j'ai eu l'occase de voir une part "bout de papier" de weather report, c'est du chinois, avec des fleches, des soleils, des vagues.
Pour repondre à Patg
Harmoniquement, la 9 est une seconde, un ré, pour un Do mais dans le renversement, elle est trés loin de toutes les composantes, et c'est aussi une histoire de sons, de vibrations, d'harmoniques, clarifier le son de l'accord.
Fait une intervalle de seconde sur la basse et de neuvieme et c'est evident.
C'est d'ailleurs un truc utilisé en impro pour jouer des notes altérées proches, des sequences atonales, ou simplement comme sur la basse au frequences graves, ecarter les sons, jouer la note suivante à l'octave.