Bernard Paganotti commence par jouer de la guitare à 13 ans et passe ensuite à la basse vers 14 ans qu'il adopte définitivement.
De sa rencontre avec Christian Vander, en 1966, nait le groupe "Chineese" qui très rapidement change de nom pour devenir "Cruciférius Lobonz".
En 1968, après le départ de Christian Vander, Bernard continue le groupe en compagnie de François Bréant, Marc Perru et Patrick Jean. Sous le nom de "Crucifèrius" ils enregistrent un album (sur lequel on peut déjà apprécier la voix grave et envoutante de Bernard), effectuent une tournée au Japon, où Bernard rencontre Naoko qui deviendra peu de temps après sa femme, et jouent à Paris en première partie de Vanilla Fudge.
À partir de 1970, après la dissolution du groupe, débute une période d'environ 4 ans pendant laquelle Bernard va accomplir un imposant travail alimentaire, accompagnant de nombreuses vedettes de variété, jusqu'en décembre 1974, où il retrouve Christian Vander, qui lui propose de remplacer Jannick Top au sein de Magma.
En septembre 1976, Bernard quitte Magma en compagnie de Patrick Gauthier pour former Weidorje qui, après un album mythique, des concerts époustouflants mais aussi pas mal de galères, se sépare en 1979. Date à laquelle il enregistre pour Jacques Higelin les basses de "Champagne pour tout le monde" et "Caviar pour les autres". Il se met alors au travail pour produire "Paga", son premier album solo, qui sortira après un long mûrissement en 1985.
Il commence alors une importante activité de musicien de studio/arrangeur/réalisateur tout en continuant des productions plus personnelles.
Il deviendra le bassiste français le plus demandé au cours des années 80, en témoigne le nombre d'albums où son nom apparaît (Francis Cabrel, Johnny Hallyday, Vanessa Paradis, Mylène Farmer, Elsa, Véronique Sanson, Bill Deraime....)
Il est le père de la chanteuse Himiko Paganotti, choriste de Magma, et du chanteur-batteur Antoine Paganotti également chanteur de Magma, avec lesquels il partage parfois l'affiche.
Il accompagne toujours actuellement Francis Cabrel et les Gipsy Kings.